综上所述，当企业所取得的增值税专用发票既无法被定性为善意取得也无法被确定为虚开时，企业所得税的处理需结合税法规定和实际情况进行细致分析。企业应积极准备相关资料以证实支出的真实性，并与税务部门保持良好沟通以寻求合理的解决方案。