本次对比以旧政策体系：财税〔2009〕59号、财税〔2014〕109号、2010年4号公告、2015年48号公告；新政策：国家税务总局2026年第13号公告为核心依据，聚焦企业合并、分立重组业务的核心征管变化，覆盖实操中最大的政策突破点与实务差异。

一、核心政策整体差异总览表

二、重点政策变化深度拆解（实操核心）

1. 最大突破：从（全体股东一致）改为（超过50%比例合意制）

旧规痛点：

为鼓励企业并购重组，国家出台了企业重组企业所得税特殊性税务处理政策，允许符合条件的企业在重组当期暂不确认相关资产的转让所得，递延到以后年度确认。但根据2010年4号公告第四条规定，同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理。在征管实践中，上市公司及多元股东架构企业股东类型复杂、数量众多，很难实现100%股东合意，导致大量合规重组无法适用递延纳税政策。

新规优化：

《公告》彻底放开全员一致硬性要求，仅对居民企业股东设置比例合意门槛：企业合并、分立业务中，被合并（被分立）企业合计持股超过50%（不含本数）的居民企业股东与重组各方就特殊性税务处理达成一致的，对应股权及对应资产负债即可适用特殊性税务处理。

官方解读案例： 

假设甲企业吸收合并乙企业，乙企业共有四名股东：A股东为居民企业，持股45%；B股东为自然人，持股40%；C股东为居民企业，持股10%；D股东为居民企业，持股5%。如A、C、D股东与重组各方就特殊性税务处理达成一致，合意居民企业股东合计持股60%，满足超过50%比例要求，在符合其他条件的前提下可适用特殊性税务处理。

2. 处理模式革新：从（非此即彼）到（混合并行）

旧规： 

同一笔合并、分立重组业务税务处理只能二选一，必须整体统一适用特殊性税务处理（递延纳税）或一般性税务处理（当期缴税），不允许拆分计税。

新规：

 同一次重组可按股东合意比例拆分计税，双轨并行：

合意超过50%股权对应的资产、负债：适用特殊性税务处理，递延纳税；

剩余非合意股权对应的资产、负债：适用一般性税务处理，可选择10年分期摊销政策。

官方解读案例（续上例）：

甲企业100%股权支付吸收合并乙企业，重组各方及A、C、D股东达成特殊性处理合意。乙企业资产负债原计税基础1000万元，公允价值1800万元。A、C、D股东适用特殊性税务处理、暂不确认转让所得；自然人B股东按个人所得税规则单独处理。

3. 重磅减负：一般性处理新增10年分期摊销政策

旧规短板： 

重组适用一般性税务处理时，资产、负债公允价值与原计税基础差额需当期一次性确认所得，大额重组会产生巨额当期税负，严重挤占企业现金流。

新规突破： 

根据《公告》第一条规定，合并（分立）企业按照前款取得的资产和负债适用一般性税务处理的，可选择按该资产和负债的原计税基础确认计税基础，并将该部分一般性税务处理对应的公允价值和原计税基础之间的差额，单独作为一项资产，自重组日所属年度起分10年均匀在税前摊销扣除。此方法一经选择，不得改变。

编者注： 该条款属于一般性税务处理下的计税基础确认特殊选择，允许企业分期确认重组所得，并非传统特殊性税务处理的递延纳税。二者税务定性存在差异，但实务效果一致，可极大平滑重组当期税负。

4. 细化锁定期合规边界，明确两类关键股东责任

旧规模糊点：

旧规仅笼统要求重组后12个月不得转股，未界定责任股东范围，合规边界模糊、税企争议极大。

新规明确双重合规红线：

规则一（核心股东刚性约束）： 按照《公告》第二条规定，重组日持有被合并（被分立）企业股权比例不低于5% 的居民企业股东、前十大居民企业股东，均应就适用特殊性税务处理达成一致，且在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。前述股东在重组后12个月内转让股权的，不再符合适用特殊性税务处理条件。已进行特殊性税务处理的，当事各方应按规定进行调整。

规则二（比例底线约束）： 除前述股东外，达成一致的其他股东在重组后12个月内转让股权，导致达成一致的合计持股比例不再超过50% 的，不能适用特殊性税务处理，当事各方应按规定进行调整。

编者注： "持股不低于5%的居民企业股东"与"前十大居民企业股东"为并列双重约束主体，两类主体均需就特殊性处理达成一致、均需遵守锁定期，任一主体违规即触发调整机制。

5. 补齐征管空白，全覆盖各类股东主体

旧规仅规范法人股东重组税务处理，对自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业股东无统一征管口径，各地执行不一。

新规明确：根据《公告》第三条规定，合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业。上述股东应按现行规定进行所得税处理，统一全国征管标准。

三、新旧政策衔接规则

1. 适用时点划分

根据《公告》第四条规定，本公告适用于重组日在2026年1月1日以后的企业重组业务。2026年1月1日前的存量重组业务一律按旧规执行，新规无追溯效力。

2. 兜底适用规则

根据《公告》第四条规定，企业重组业务所得税处理的其他征管问题，按照《国家税务总局关于发布〈企业重组业务企业所得税管理办法〉的公告》（2010年第4号）、《国家税务总局关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（2015年第48号）等规定执行。

四、政策适用范围限定（重点易错点）

2026年第13号公告仅优化合并、分立两类重组业务的所得税征管规则。股权收购、资产收购、债务重组等其他重组类型，其特殊性税务处理条件、计税规则、征管要求均未发生调整，仍严格依据财税〔2009〕59号等旧规执行，实务中严禁政策混用、错用。

五、政策整体总结与核心利好

2026年13号公告是近年企业重组所得税政策的重大松绑与优化，在坚守重组税制基本原则的前提下，破除了旧规全员一致的实操壁垒，大幅提升政策落地性，精准解决多股东企业重组痛点。

整体来看，本次修订大幅放宽了合并、分立重组的税务合规约束，尤其适配上市公司、集团多主体架构重组、市场化产业整合场景，有效降低重组税务成本与合规风险，充分发挥税制对企业资源整合、产业升级的支持作用。