在复杂的税务实践中，我们常会遇到一些难以界定的情况，特别是当企业取得的增值税专用发票既不能被定性为善意取得，也不能被定性为虚开时，增值税的处理便成了一个棘手的问题。让我们通过一个真实案例，深入探讨这一问题。

一、案例分析

2021年3月，甲企业从上游企业乙企业获得了10份增值税专用发票，涉及金额1000万元，进项税额130万元，并且已经完成了抵扣。然而，到了2021年8月，甲企业所在地的稽查局接到乙企业所在地税务局发出的《已证实虚开通知单》。尽管如此，稽查局的调查并未发现资金回流，甲企业的货物入库单、出库单、购货合同、销售合同等文件一应俱全，且经过检查，甲企业货物的购买方也未发现问题。甲企业坚称交易是真实的，但在运输流上存在疑问：合同约定运费由甲企业负担，却未能提供相关发票。甲企业解释称运费实际由乙企业支付，但乙企业已失联，无法核实。甲企业之前的会计也已离职，无法联系。面对这种情况，稽查部门应如何处理？

在缺乏证据证明甲企业明知对方虚开的情况下，我们需要确定甲企业是否明知对方虚开，以及交易是否真实存在。因此，应推定甲企业不知情。然而，由于货物运输费用与合同约定存在矛盾，且相关责任人无法找到，货物交易的真实性存在疑点。由于无法满足“购货方与销售方存在真实交易，销售方使用的是其所在省的专用发票，专用发票注明的信息全部与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得”的四个条件，因此无法定性为善意取得。但是，仅凭运输发票一个疑点，缺乏其他确凿证据，定性为恶意取得也难以形成完整的证据链。

二、税务处理方式

在实际税务处理中，存在以下两种方式：

1. 直接定性为善意取得
   一些税务局认为，善意和恶意是对立的关系，非此即彼。既然无法定性为恶意，就自然定性为善意。然而，国家税务总局文件规定了善意取得的四个条件，必须同时具备才能构成善意取得。仅符合一个条件就定性为善意取得，如果后期出现其他证据，执法风险如何规避？

2. 回避定性，进项税额转出，加收滞纳金
   部分税务机关认为，此类案件既不能定性为善意，也不能定性为恶意，定性不准会带来税收风险。由于《已证实虚开通知单》只能证明发票属于虚开，并不能证明接受方具有税务违法行为，稽查部门只能将此作为补缴税款及收取滞纳金决定的证据之一。实践中，许多稽查部门依据相关规定，要求纳税人补税并加收滞纳金，即按照“非善非恶取得”处理。

三、结语

面对这种情况，税务稽查部门在处理时需格外谨慎。如果证据确凿，可以大胆定性为善意取得；如果条件不完全符合，强行定性为善意取得可能会带来新的税收执法风险。税务稽查部门应根据案件具体情况，综合考虑证据的充分性和合理性，做出合理的税务处理决定。